Architekt, Baumeister und Hochschullehrer in Berlin und Karlsruhe
Nach dem Ingenieurstudium und dem folgenden Architekturstudium 1858 – 1862 bei dem bekannten Neogotiker Georg Gottlob Ungewitter in Kassel war der dort geborene Schäfer beim Dombauamt Paderborn tätig. Von 1868 bis 1870 lehrte er als Nachfolger Ungewitters an der Höheren Gewerbeschule Kassel und ging dann als Universitätsbaumeister nach Marburg, wo mit dem alten Auditoriengebäude eines seiner Hauptwerke entstand. 1878 folgten die Anstellung beim Preußischen Ministerium für Handel, Gewerbe und Öffentliche Arbeiten in Berlin und dort ab 1879 Lehrtätigkeit an der Technischen Hochschule. Von 1894 bis 1908 war Schäfer Professor an der TH Karlsruhe. In dieser Zeit war er an den Restaurierungsarbeiten am Heidelberger Schloss und den Meißener Domtürmen beteiligt. Zu seinen Schülern gehörten die bekannte Architekten Hermann Muthesius, Paul Schmitthenner, Fritz Schuhmacher und Hans Poelzig.
Schäfer gilt als der wichtigste Vertreter der späten Neugotik in Deutschland. Die von ihm propagierten Prinzipien der Konstruktions-, Material- und Werkgerechtigkeit wie auch die Berücksichtigung lokaler Bautraditionen, insbesondere des Fachwerkbaues, machten ihn zu einem der Vorläufer des Heimatstils.
In Rauischholzhausen kam es bei Baubeginn aufgrund der beruflichen Belastung Schäfers zu Schwierigkeiten, so dass die Fortführung der Arbeiten den Frankfurter Architekten Karl Jonas Mylius und Alfred Friedrich Bluntschli übertragen wurde.