Als Sitz der Herren von Welbergen war ein befestigtes Haus vermutlich schon im späten 13. Jahrhundert vorhanden. Fast zweihundert Jahre lang gehörte der Rittersitz einer Familie von Blome und wird als „Blomenhus“ erstmals in einer Urkunde von 1415 genannt. Im frühen 16. Jahrhundert ging die Wasserburg an die Herren von Oldenhues. Christian von Oldenhues baute um 1560–70 ein vorhandenes, gotisches Gebäude zu einem Herrenhaus der Renaissance mit typischen Dreistaffelgiebeln aus. Seitdem steht der große, zweistöckige Ziegelbau im Süden der Vorburg mitten in der vom Gauxbach gespeisten Gräfte frei im Wasser. 1624 ging der Herrensitz an die Familie von Schele. Im Dreißigjährigen Krieg wurde die Vorburginsel zum Schutz vor Überfällen und Plünderungen mit Mauern und Türmen verstärkt und im 18. und 19. Jahrhundert mit weiteren Gebäuden ausgebaut.
1712 gelangte Haus Welbergen an die damals noch bürgerliche Familie Bucholtz. Franz Caspar Cajetan Bucholtz gestaltete von 1730 bis 1746 das Herrenhaus hauptsächlich im Innern barock um. Mit Ausnahme des Torhauses ließ er auch die alten Wehrbauten der Vorburg beseitigen und neue Ökonomiegebäude errichten. Gleichzeitig wurden bis auf den alten Wehrturm in der südwestlichen Ecke der Vorburg auch der mittlere, quadratische Turm als Kapelle und der nordwestliche Turm neu aufgebaut. Sein Enkel und Nachfolger Franz Caspar Johann Bucholtz gehörte im ausgehenden 18. Jahrhundert zum schöngeistig literarischen Kreis der Amalie Fürstin von Gallitzin in Münster. Auf seine Einladung hin wohnte der schon schwer kranke Königsberger Philosoph Johann Georg Hamann für vier Monate auf Haus Welbergen, bevor er 1788 in Münster verstarb.
Nach dem Tode von Franz Bernhard Bucholtz im Jahre 1838 erbte seine Schwester Gertrud das gesamte Anwesen. Sie hatte den angesehenen Medizinalrat Dr. Franz Ferdinand von Druffel aus Münster geheiratet. Bis zum Verkauf an die niederländischen Bankiers Jordaan-van Heek im Jahre 1929 blieb Haus Welbergen im Eigentum der Familie von Druffel. Sie hatte bis auf den umliegenden Wald alle Ländereien des Anwesens verpachtet.
Außerhalb der Gräfte wurde neben der Mühle im Jahre 1840 ein Kornspeicher aus Backstein errichtet. Die schon zwischen 1625 und 1632 errichtete Mühle wurde im Laufe der Jahrhunderte mehrfach umgebaut. Bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts standen auf der Vorburg zwei mächtige Ökonomiegebäude. Sie waren zum Herrenhaus hin mit einem hohen Metallgitterzaun vom übrigen Hofbereich abgetrennt.
Im Gegensatz zur Geschichte der Bewohner des Hauses und den verschiedenen Bauphasen der Anlage steht die Erforschung der historischen Garten- und Landschaftsgestaltungen noch aus.